Kongens Nei handler om de tre dramatiske døgnene i april 1940, hvor den norske kongen får et ufattelig ultimatum av den tyske krigsmakten: Overgivelse eller døden.

Med tyske fly og soldater i hælene tvinges kongefamilien på flukt. De bestemmer seg for å skille lag uten å vite om de noensinne vil se hverandre igjen. Kronprinsesse Märtha reiser med barna til Sverige, mens kong Haakon og kronprins Olav blir igjen i Norge for å fortsette kampen.

Etter tre døgns desperat flukt, fatter kong Haakon sin endelige beslutning. Han nekter å kapitulere selv om dette kan koste både ham selv, hans familie, og mange uskyldige nordmenn livet.